ภาควิชาคอมพิวเตอร์ แต่เดิมมีฐานะเป็นสาขาวิชาวิทยาการคอมพิวเตอร์ซึ่งสังกัดอยู่ในภาควิชาคณิตศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยศิลปากร เนื่องจากเพื่อก่อให้เกิดเอกภาพและความคล่องตัวในการบริหารและดำเนินการต่างๆ ให้มีประสิทธิภาพมากยิ่งขึ้น จึงได้รับการอนุมัติให้จัดตั้งเป็นภาควิชาคอมพิวเตอร์ สังกัดคณะวิทยาศาสตร์ จากสภามหาวิทยาลัยศิลปากรตั้งแต่วันที่ 8 กันยายน 2547 ภาควิชาคอมพิวเตอร์ ดำเนินการจัดการเรียนการสอนในศาสตร์ทาง คอมพิวเตอร์และเทคโนโลยีสารสนเทศทั้งด้านฮาร์ดแวร์และซอฟต์แวร์ โดยมุ่งหวังที่จะผลิตบัณฑิตที่มีความรู้ความสามารถเพื่อประกอบอาชีพที่เกี่ยวข้อง กับคอมพิวเตอร์ในแขนงต่างๆ และสนองต่อความต้องการของประเทศชาติ ภาควิชาฯ ได้เริ่มเปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิทยาการคอมพิวเตอร์ ในปีการศึกษา 2531 หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิทยาการคอมพิวเตอร์ ในปีการศึกษา 2545 หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาเทคโนโลยีสารสนเทศ ในปีการศึกษา 2547 และหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาเทคโนโลยีสารสนเทศ ในปีการศึกษา 2548